WGS-data helpen routinediagnostiek beter te begrijpen en te verbeteren
Uit recent wetenschappelijk onderzoek*, gepubliceerd in het Journal of Thoracic Oncology, blijkt dat de FISH (Fluorescence In Situ Hybridization) analyse gevoelig is, maar onvoldoende specifiek voor RET fusiegenen in longkanker. Nader onderzoek onder de DNA-gegevens van de 5.000 patiënten in de Hartwig Medical database wijst uit dat bij ongeveer de helft van de gebroken RET-genen geen fusiegenen waren ontstaan.
Dr. Ir. Paul Roepman, klinisch moleculair bioloog in de pathologie bij Hartwig Medical Foundation en bij het Antoni van Leeuwenhoek, betrokken bij het onderzoek: “Op basis van routinediagnostiek bij longkanker wordt algemeen aangenomen dat als bepaalde genen (o.a. ALK, ROS1 en RET) een breuk laten zien (gemeten met FISH) het waarschijnlijk is dat er een oncogene fusiegen aanwezig is. Hiervoor zijn specifieke medicijnen-op-maat beschikbaar. Echter, de ervaringen van het RET-gen zijn minder duidelijk, waarbij de medicijnen soms minder goed lijken te werken dan verwacht.
Toen de onderzoekers naar de gegevens van de patiënten in de Hartwig Medical database gingen kijken, bleek dat bij ongeveer de helft van de gebroken RET-genen geen fusiegenen waren ontstaan. Dit in tegenstelling tot ALK en ROS1. Mede op basis van deze resultaten trokken de auteurs de conclusie dat de FISH analyse voor RET technisch goed werkt, maar omdat het verband tussen een breuk en een fusiegen niet vanzelfsprekend is, de waarde van alleen een RET FISH uitslag beperkt is. Bevestiging met behulp van een test die het RET fusiegen aantoont wordt dan ook sterk geadviseerd, zoals een RNA-fusietest of Whole Genome Sequencing.”
* RET Fluorescence In Situ Hybridization Analysis Is a Sensitive but Highly Unspecific Screening Method for RET Fusions in Lung Cancer
U las een artikel over het onderwerp Hartwig Medical Database. Wellicht bent u ook geïnteresseerd in DNA, Lerend zorgsysteem, Wetenschappelijke publicaties of Whole genome sequencing.Alle nieuwsberichten
Lees ook
Bezoek René Claassen PVV aan Hartwig Medical Foundation – Meten en verbeteren effectiviteit van medicijnen gemeenschappelijk doel
Woensdag 5 juni heeft René Claassen, lid Tweede Kamer voor de PVV, een bezoek gebracht aan Hartwig Medical Foundation. De …
SAGE: Nieuw algoritme voor analyse van tumor-DNA onthult mutaties die eerder niet waren gevonden
Hartwig Medical Foundation analyseert tumor-DNA. Dit proces proberen we continu te verbeteren. We delen deze analyses met ziekenhuizen om hen …
Een lerend zorgsysteem voor verbeterde zorg
Vandaag bij het Financieele Dagblad: Als een patiënt in een ziekenhuis of daarbuiten wordt behandeld, worden er veel gegevens in …
Het aantal WGS- samples dat Hartwig Medical Foundation heeft, is uniek in het onderzoeksveld en groeit snel. Toen we begonnen waren het er 3.500 en dat zijn er nu al meer dan 5.000.